การบริหารการเงิน ของกรมปศุสัตว์มีมาตั้งแต่มีพระราชกำหนดตั้งกรมปศุสัตว์เมื่อวันที่ 5 พฤษภาคม 2485
โดยแผนกบัญชีและพัสดุ สำนักเลขานุการกรม จนถึงวันที่ 20 กรกฎาคม 2516 จึงมีพระราชกฤษฎีกาการจัดระเบียบราชการ
กรมปศุสัตว์ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เป็น 11 กอง แยกแผนกบัญชีและพัสดุออกจากสำนักงานเลขานุการกรม ตั้งเป็นกองคลัง
               พ.ศ.2516-2528 มีการแบ่งส่วนราชการภายในกองเป็น 4 งาน คือ
               1. งานธุรการ
               2. งานการเงิน
               3. งานบัญชี
               4. งานพัสดุ                           
แต่ไม่มีอัตรากำลังในตำแหน่งหัวหน้ากองคลัง อัตราชั้นเอก จึงได้รับโอนข้าราชการชั้นโทจากรมส่งเสริมสหกรณ์
ตามคำสั่งกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ที่ 84/17 ลงวันที่ 24 กุมภาพันธ์ 2517  รับโอน นายธีระ หนูครองสิน
มาเป็นหัวหน้าแผนกบัญชีและพัสดุ  แล้วจึงมีคำสั่งกรมปศุสัตว์ที่ 118/17 ลงวันที่ 15 มีนาคม 2517 แต่งตั้งให้
รักษาการใน ตำแหน่งหัวหน้ากองคลัง
              พ.ศ.2528-2537 มีการแบ่งส่วนราชการภายในกองเป็น 3 ฝ่าย กับ 1 งาน คือ
              1. งานธุรการ
              2. ฝ่ายการเงิน  มี 3 งานได้แก่ งานรับ-จ่ายเงิน งานตรวจใบสำคัญ งานเงินเดือนและค่าจ้าง
              3. ฝ่ายบัญชีและงบประมาณ มี 3 งานได้แก่ งานบัญชี งานงบประมาณ งานนอกงบประมาณ
              4. ฝ่ายพัสดุ   มี 3 งานได้แก่ งานจัดหา งานทะเบียนและคลังพัสดุ งานอาคารและยานพาหนะ
              พ.ศ. 2537- 2546  มีการแบ่งส่วนราชการภายในกองเป็น 4 ฝ่าย 1 งาน คือ
              1. งานธุรการ
              2. ฝ่ายการเงิน  มี 3 งานได้แก่ งานรับ-จ่ายเงิน งานตรวจใบสำคัญ งานเงินเดือนและค่าจ้าง
              3. ฝ่ายบัญชี  มี 3 งานได้แก่ งานบัญชี งานวางฎีกา งานงบเดือน
              4. ฝ่ายงบประมาณ  มี 3 งานได้แก่ งานงบประมาณ งานเงินทุนหมุนเวียน งานนอกงบประมาณ
              5. ฝ่ายพัสดุ  มี 3 งานได้แก่ งานจัดหา งานทะเบียนและคลังพัสดุ งานอาคาร และยานพาหนะ
              ปัจจุบัน   มีการแบ่งส่วนราชการภายในกองเป็น  1 กลุ่มงาน 5 ฝ่าย คือ
              1. กลุ่มพัฒนาระบบงานคลัง
              2. ฝ่ายบริหารทั่วไป
              3. ฝ่ายการเงิน
              4. ฝ่ายบัญชี
              5. ฝ่ายงบประมาณ
              6. ฝ่ายพัสดุ             
ผู้อำนวยการกองคลัง จากอดีด - ปัจจุบัน (ปีงบประมาณ)
                 1. นายธีระ             หนูครองสิน              พ.ศ. 2517 - 2528
                 2. นางลมัย             ชาตินิยม                   พ.ศ. 2528 - 2541
                 3. นางสาววารุณี    โศภิณเวทยา              พ.ศ. 2541 - 2552
                 4. นางเย็นจิต          ทองยงค์                   พ.ศ. 2553 - ปัจจุบัน