1. บริเวณที่สามารถเก็บเชื้อได้คือ แผลที่ลิ้น, เยื่อบุภายในช่องปาก, แผลที่กีบ และไรกีบ
2. ในโค กระบือ ให้เก็บจากแผลที่เยื่อลิ้น และบริเวณปาก โดยใช้ผ้าและภาชนะที่สะอาด
3. ในสุกร หรือโค กระบือ แพะ แกะ ที่เดินเขยกแสดงว่าเชื้อแพร่กระจายไปถึงเท้าแล้วและไม่สามารถเก็บเยื่อลิ้นได้ ควรเก็บเชื้อจากบริเวณไรกีบ ซอกกีบ หรืออุ้งกีบแทน โดยทำความสะอาดบริเวณนั้นด้วยน้ำสะอาดก่อน
4. ขนาดของเนื้อเยื่อควรเก็บเชื้อไม่น้อยกว่า 1 กรัม ถ้าเห็นว่าเนื้อเยื่อจากสัตว์ตัวหนึ่งๆได้น้อยก็ควรเก็บจากตัวอื่นเพิ่มด้วย และแยกขวดเป็นตัวๆไป
5. เก็บเนื้อเยื่อบรรจุลงในขวดที่มีน้ำยา 50% กลีเซอรีนบัพเฟอร์ เขย่าให้น้ำท่วมเนื้อเยื่อ ปิดจุกให้ แน่น ปิดทับด้วยเทปกันน้ำยารั่วไหล ทำเครื่องหมายขวดให้ชัดเจน ใช้น้ำยาฆ่าเชื้อทำความสะอาดภายนอกขวดก่อนนำส่งห้องปฏิบัติการ
6. การนำส่ง ขวดบรรจุเนื้อเยื่อหรือน้ำเหลืองที่ได้ฆ่าเชื้อภายนอกแล้วให้ใส่ลงในภาชนะอีก 1 ชั้น เพื่อกันขวดแตกจากนั้นห่อทับด้วยกระดาษหลายๆชั้น หรือห่อด้วยวัสดุอื่นกันขวดแตก แล้วบรรจุกล่องหรือภาชนะที่ไม่แตกง่าย พร้อมกับบันทึกประวัติสัตว์ผู้ป่วย รีบนำส่งทันที หรือในกรณีจำเป็นต้องเก็บไว้ก่อน ควรเก็บในตู้เย็น หรือกระติกน้ำแข็ง วิธีนำส่งที่ดีที่สุด คือ นำส่งในสภาพแช่เย็น โดยปริมาณน้ำแข็งที่เพียงพอจนถึงห้องปฏิบัติการ ในกรณีไม่สามารถนำส่งในสภาพแช่เย็น ก็อาจส่งทางไปรษณีย์โดยทาง EMS

1. หากพบตุ่มใสที่ลิ้น, อุ้งเท้า, ไรกีบ ของโคและสุกร ซึ่งมักพบในสัตว์ที่เพิ่งเป็นโรคใหม่ๆ หาก
สามารถเก็บน้ำจากตุ่มใส ส่งไปได้ก็จะเป็นการดียิ่งควรเก็บก่อนที่ตุ่มใสจะแตก โดยใช้เข็มดูดและเก็บในขวดที่สะอาด เก็บในสภาพแช่เย็นและรีบนำส่งห้องปฏิบัติการ
2. การเก็บเชื้อควรเก็บจากแผลหรือเนื้อเยื่อจากสัตว์ที่เริ่มแสดงอาการป่วยเป็นโรค เพราะจะมี
ปริมาณไวรัสมากเพียงพอสำหรับการตรวจ
3. ห้ามใช้น้ำยาฆ่าเชื้อทำความสะอาดเนื้อเยื่อที่จะส่งไปตรวจ เพราะจะทำให้ผลการวินิจฉัยผิดพลาดได้
4. ภายหลังการเก็บเชื้อใส่ขวดเรียบร้อยแล้วควรทำความสะอาดภายนอกขวดและอุปกรณ์ต่างๆ
ตลอดจนมือผู้เก็บเนื้อเยื่อ เพื่อป้องกันไม่ให้นำเชื้อไประบาดที่อื่น
5. ไม่แนะนำให้ส่งตัวอย่างที่เป็นซีรั่ม เพื่อทำการตรวจวินิจฉัยโรคโดยการจำแนกชนิดไวรัส
เพราะวิธีนี้จะมีข้อผิดพลาดได้ เนื่องจากการตรวจซีรั่มไม่สามารถบ่งบอกชนิดไวรัสได้ว่าสัตว์กำลังป่วยด้วย
ไวรัสโรคปากและเท้าเปื่อยไทป์ โอ หรือ เอ หรือ เอเชียวันได้ ดังนั้นวิธีที่แม่นยำและถูกต้องที่สุดคือ
การตรวจวินิจฉัยจากตัวอย่างเนื้อเยื่อที่ลิ้นหรือกีบของสัตว์ป่วยเท่านั้น
6. กรณีการส่งซีรั่ม เป็นการตรวจหาระดับแอนติบอดี้ต่อไวรัสโรคปากและเท้าเปื่อยที่มีในสัตว์ที่เคยป่วยหรือ
สัตว์ที่เคยได้รับการฉีดวัคซีน วิธีนี้จะเป็นการตรวจวัดประสิทธิภาพของวัคซีนและการสร้างภูมิคุ้มกันในสัตว์ เพื่อประโยชน์ในด้านการศึกษาระบาดวิทยา การเฝ้าระวังโรค สำหรับการควบคุม ป้องกันและกำจัด
โรคปากและเท้าเปื่อยเท่านั้น

• ไซริ้งและหลอดเก็บเลือดต้องสะอาดและแห้ง
• เจาะเลือดเสร็จแล้วให้วางหลอดในแนวเอียง เพื่อให้การแยกชั้นของซีรั่มดีขึ้น
• ควรวางในอุณหภูมิห้อง (room temperature) ประมาณ 1 - 2 ชั่วโมงก่อน ไม่ควรนำเข้าตู้ เย็นทันทีเพราะจะทำให้ซีรั่มไม่แยกชั้น หรือแยกได้น้อย
• ห้ามปั่นหลอดเลือดในขณะที่ยังไม่ได้ถ่ายซีรั่มออก เพราะจะทำให้เม็ดเลือดแดงแตกหรือเกิด hemolysis
• เมื่อแยกซีรั่มแล้ว ให้เก็บที่อุณหภูมิแช่แข็ง หรือ Freezer - 20^๐C
  

• เก็บวิการที่เยื่อลิ้น และที่กีบ ต้องเก็บให้ถูกตำแหน่งหรือบริเวณที่มีไวรัสอยู่
• เก็บในสภาพที่เริ่มเป็นโรคใหม่ๆ
• ปริมาณและลักษณะเนื้อเยื่อควรเป็นแผ่นหรือชิ้นใหญ่
  

• การเก็บตัวอย่างล่าช้า ทำให้เก็บได้น้อย หรือเป็นขุย
• เก็บในระยะที่แผลเริ่มหาย ทำให้ไม่สามารถเก็บได้
• เก็บไม่ถูกตำแหน่งที่มีไวรัส